Bonjour,
je ne connais pas spécifiquement le Pajero 2007, mais vu que les réponses ne se bousculent pas au portillon, quelques "réflexions" inspirées par tes demandes

:
1) le circuit électrique du Pajero est en 12V, donc a priori les 2 batteries sont en parallèle; soit directement, si c'est le montage d'origine (y'a qu'à suivre les fils de raccordement de section importante, le "+" passe vers le haut de la cloison parefeu sous le capot), soit peut-être via un coupleur si c'est un montage pas d'origine.
Et même si les batteries étaient mises en série pour le démarrage (comme sur le Toy HDJ80, mais dans le cas du Paj ça m'étonnerait beaucoup), à l'arrêt elles sont bien en parallèle, donc la charge en 12V paraît tout-à-fait normale.
2) par contre, je suis peut-être vieux jeu mais on m'a toujours appris qu'il fallait débrancher la batterie si on veut la charger avec un chargeur secteur.
Donc si tu es dans le cas que j'évoquais en 1er, càd les 2 batteries directement en parallèle, il y a une solution très simple pour ne pas perdre ta programmation: débrancher (les 2 pôles) une batterie pour la recharger, puis la reconnecter quand elle est chargée et déconnecter l'autre pour la recharger idem.
Bon, il vaut mieux aller vite pour débrancher la 2ème quand on ré-installe la première qui est re-chargée, et même de préférence au moins débloquer les vis de la 2ème avant de remettre la 1ère, mais même si je ne l'ai fait qu'une fois sur mon ex-Toy KZJ90, ça a très bien marché.
PAJERO DiD 2002 BVA Court, Ramsey 8000, Bridgestone D694, Garmin278C en mobile pour le moment.
L'évolution continue doucement... :-))