Ce sujet a souvent été l'objet d'un débat animé sur le forum. Tu trouveras plein d'avis en utilisant la fonction recherche.
Pour résumer mon avis sur le sujet :

boite méca : Meilleur ressenti de la mécanique, couple et nervosité, plus technique (et donc plus sympa) en TT, consommation mini (entre 7,7 l et 10,5 l aux 100 pour ma part suivant l'utilisation et les parcours),
à éviter : Les DID boite méca 2000 à 2002, sauf si le volant moteur a été remplacé.

boite auto : Souplesse et agrément d'utilisation, système de commande séquentiel agréable, presque trop facile en TT (ça ne devient plus drole !), consomme de la puissance d'où une impression de molesse (reprise, accélération), ça va beaucoup mieux avec la petite puce qui va bien (200 Cv), consommation plus élevée (1 l de plus aux 100 Km), pas de problème de fiabilité.
Voilà, après c'est une question de goût...
Moi, j'ai un DID de 2000 boite méca, 180.000 Km, no problem à ce jour... Mais j'ai gardé mon vieux 2.8l pour faire du TT hard. Le DID est super sur piste, impressionnant même si l'on a pris soin de remplacer les amortisseurs d'origine par des plus résistants.
Voilà, bon choix !
PS : Il est de coutume de faire un petit passage par la case "présentation"

Accro au Pajero et incurable. Et c'est tant mieux !
"C'est pas parce qu'ils sont nombreux à avoir tort qu'ils ont raison !" Coluche